En savoir plus

Principe général

Jusqu'à la version 24.0.0, les mises à jour de Collec-Science étaient bâties sur ce principe :

• récupération du code sous forme zippée
• décompression du fichier et renommage du dossier généré
• recopie des paramètres à partir de la version précédente
• repositionnement des droits d'accès sur les fichiers
• lancement des scripts de modification de la base de données

À partir de la version 24.0.0, la mise à niveau est préconisée en utilisant git, ce qui permet des mises à jour intermédiaires beaucoup plus simples et plus rapides.

Pour aller vite…

Le script install/upgrade_to_git.sh peut réaliser automatiquement l'ensemble des opérations décrites dans ce document. Pour le lancer :

ln -s /var/www/html/collec-science /var/www/collecApp
cd /var/www/collecApp
wget https://github.com/collec-science/collec-science/raw/develop/install/upgrade_to_git.sh
chmod +x upgrade_to_git.sh
./upgrade_to_git.sh

Description détaillées des opérations

Code de migration du mode de mise à jour

Avant d'exécuter le code, vérifiez les chemins indiqués.

ln -s /var/www/html/collec-science /var/www/collecApp
cd /var/www/collecApp
git clone https://github.com/collec-science/collec-science -b master
cd collec-science
cp ../collec/param/param.inc.php param/
cp ../collec/param/id_collec* param/
mkdir display/templates_c
mkdir temp
find . -type d -exec chmod 750 {} \;
find . -type f -exec chmod 640 {} \;
chmod -R g+w display/templates_c
chmod -R g+w temp
chgrp -R www-data .
rm -Rf test
cd ..
rm collec
ln -s collec-science collec

Pour initialiser la mise à jour la base de données

Lancez les commandes suivantes pour initialiser le script générique de mise à jour :

cd /var/www/collecApp
cp collec-science/install/upgradedb.sh.dist ./upgradedb.sh
chmod +x upgradedb.sh

Éditez ensuite le fichier upgradedb.sh qui vient d'être créé dans /var/www/collecApp, et vérifiez les paramètres de connexion à la base de données ainsi que le dossier où est installée l'application.

Lancez le script suivant :

/var/www/collecApp/upgradedb.sh

Le script va réaliser les opérations suivantes :

• récupération de la version actuelle de la base de données en interrogeant la table dbversion ;
• exécution du script permettant la montée de version.

Si la base de données est déjà à jour, le script l'indiquera.

Mettre en place l'envoi automatique de messages

À partir de la version 24.0.0, le logiciel peut envoyer des notifications aux utilisateurs pour les informer des échantillons en cours d'expiration ou des événements à traiter. En pré-requis, il faut que le serveur dispose d'un moteur d'envoi de mails, comme Postfix ou MSMTP. L'installation d'un moteur n'est pas réalisée par le script d'installation de Collec-Science, en raison des paramétrages spécifiques à chaque organisation (serveurs de connexion, comptes utilisés, technologie, ports, droits à positionner, etc.). En général, l'utilisation de Postfix donne de bons résultats, mais d'autres configurations sont également possibles.

Pour activer l'envoi des messages, une fois le logiciel d'envoi de mails paramétré, réalisez les opérations suivantes :

cp collec-science/collectionsGenerateMail.sh .
echo "0 8 * * * /var/www/collecApp/collectionsGenerateMail.sh" | crontab -u www-data -
chmod +x /var/www/collecApp/collectionsGenerateMail.sh

Éditez également le fichier /var/www/collecApp/collec-science/param/param.inc.php, et vérifiez que la ligne :

$MAIL_enabled = 1;

ne soit pas commentée.

Le script permettant de rechercher les échantillons à signaler sera lancé tous les jours à 8 heures.

Pour activer la génération des messages, vous devrez également paramétrer le logiciel. Pour cela, consultez le document https://github.com/collec-science/collec-science/blob/master/documentation/collection/automaticsendmail_fr.md.

Pour les mises à jour suivantes

cd /var/www/collecApp/collec-science
git pull origin master
cd ..
./upgradedb.sh